1. PyMOL:
· 网址： https://pymol.org/
· 特点： 专业的分子可视化工具，强大的渲染和分析功能。
· 使用范围： 分子生物学和生物化学领域，蛋白质和小分子的三维结构。
· 使用方式： 命令行或图形界面。
· 使用人群： 生物学家、生物化学家、结构生物学家。
· 上手难度： 中等到高。
· 注意事项： 部分高级功能需要熟悉命令行。
2. UCSF Chimera:
· 网址： https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/
· 特点： 可视化和分析生物大分子的强大工具，多种插件支持。
· 使用范围： 结构生物学、生物化学、计算生物学。
· 使用方式： 图形界面和Python脚本。
· 使用人群： 结构生物学家、生物信息学家。
· 上手难度： 中等。
3. Jmol:
· 网址： http://www.jmol.org/
· 特点： Java-based分子可视化工具，用于网页上的交互式可视化。
· 使用范围： 分子生物学教学、科研。
· 使用方式： 嵌入网页，支持脚本。
· 使用人群： 学生、教育工作者、生物学家。
· 上手难度： 低。
4. UCSC Genome Browser:
· 网址： https://genome.ucsc.edu/
· 特点： 在线基因组浏览工具，支持基因组数据可视化。
· 使用范围： 基因组学、转录组学。
· 使用方式： 在网页上浏览和比较基因组。
· 使用人群： 生物学家、基因组学家。
· 上手难度： 低。
5. BioRender:
· 网址： https://biorender.com/
· 特点： 在线生物医学图表制作工具，丰富的生物图形元素。
· 使用范围： 科研论文、教学资料。
· 使用方式： 在网页上创建图表。
· 使用人群： 科研人员、教育工作者。
· 上手难度： 低。
6. CLC Sequence Viewer:
网址： https://digitalinsights.qiagen.com/products-overview/discovery-insights-portfolio/analysis-and-visualization/qiagen-clc-main-workbench/
· 特点： DNA、RNA和蛋白质序列可视化和分析。
· 使用范围： 分子生物学、基因组学。
· 使用方式： 本地软件，图形界面。
· 使用人群： 生物学家、分子生物学家。
7. RasMol:
· 网址： http://www.rasmol.org/
· 特点： 经典的分子可视化工具，用于探索蛋白质和生物分子结构。
· 使用范围： 结构生物学、生物化学。
· 使用方式： 命令行或图形界面。
· 使用人群： 结构生物学家、生物学家。
· 上手难度： 低。
8. Integrative Genomics Viewer (IGV):
· 网址： https://software.broadinstitute.org/software/igv/
· 特点： 用于查看和分析基因组数据的工具，特别适用于ChIP-Seq等。
· 使用范围： 转录组学、基因组学。
· 使用方式： 本地软件，图形界面。
· 使用人群： 生物信息学家、基因组学家。
· 上手难度： 低。
9. ChimeraX:
· 网址： https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/
· 特点： UCSF Chimera的继任者，现代化的用户界面，用于生物大分子的可视化和分析。
· 使用范围： 结构生物学、生物化学。
· 使用方式： 图形界面和Python脚本。
· 使用人群： 结构生物学家、生物信息学家。
· 上手难度： 中等。
10. BioPython:
· 网址： https://biopython.org/
· 特点： Python库，用于生物信息学数据分析和生物信息学任务，包括序列分析和结构生物学。
· 使用范围： 生物信息学、计算生物学、分子生物学。
· 使用方式： Python编程，提供API和库。
· 使用人群： 生物信息学家、计算生物学家。
· 上手难度： 中等。
11. RDKit:
· 网址： https://www.rdkit.org/
· 特点： 用于药物研究和分子描述的开源工具包。
· 使用范围： 化学信息学、药物设计。
· 使用方式： 提供Python和其他编程语言的接口。
· 使用人群： 化学家、药物研究人员。
· 上手难度： 中等。
12. Mol*View:
· 网址： https://molview.org/
· 特点： 在线分子结构可视化工具，适用于教学和科研。
· 使用范围： 分子生物学、化学。
· 使用方式： 在网页上进行交互性可视化。
· 使用人群： 学生、研究人员。
13. SnapGene:
· 网址： https://www.snapgene.com/
· 特点： 专业的分子生物学软件，用于设计和分析DNA序列。
· 使用范围： 分子生物学、基因工程。
· 使用方式： 图形界面，支持多种DNA编辑操作。
· 使用人群： 分子生物学家、基因工程师。
· 上手难度： 低。
14. Molecular Operating Environment (MOE):
· 网址： https://www.chemcomp.com/
· 特点： 综合性的分子建模和生物信息学软件，用于药物设计和分子模拟。
· 使用范围： 药物设计、分子模拟。
· 使用方式： 图形界面，提供大量分子建模工具。
· 使用人群： 化学家、药物设计师。
· 上手难度： 中等到高。
15. OmniGraffle:
网址： https://www.omnigroup.com/omnigraffle/
· 特点： 通用图形绘制工具，适用于各种领域，包括医学研究。
· 使用范围： 图形设计、流程图。
· 使用方式： 图形界面，支持多种图形设计工具。
· 使用人群： 研究人员、设计师。
· 上手难度： 中等。