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前端编程开发入门

ProtoCaller-在GROMACS中完全自动化的相对蛋白质-配体结合自由能


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下载链接:https://github.com/protocaller/ProtoCaller

ProtoCaller 是一个 Python 库,可实现相对蛋白质-配体结合自由能的受控自动化 GROMACS中的计算。ProtoCaller使用各种工具来自动化自由能计算过程, 如:Biopython、BioSimSpace、CHARMM-GUI、(可选)Modeller、Open Babel、ParmEd、PDB2PQR、pdbfixer、RDKit。

ProtoCaller 可以在 Linux 和 macOS 上运行。安装简单,可通过 Conda 进行。请检查 其他部分以获取更多信息。

此包通过 Conda 分发。若要安装它,请运行以下命令:

conda install -c conda-forge -c omnia -c michellab -c essexlab protocaller


可以使用以下命令安装开发版本(请谨慎使用):

conda install -c conda-forge -c omnia -c michellab -c essexlab/label/dev protocaller


强烈建议使用最新版本 (1.2.0),因为蛋白质数据库最近进行了数据库大修。

完整的文档字符串文档可以在这里(https://protocaller.readthedocs.io/en/latest/ProtoCaller.html)找到。您还可以运行一些示例 了解 ProtoCaller 的工作原理。

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