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二代测序，也称为下一代测序（Next Generation Sequencing, NGS），是一系列高通量测序技术的统称，它们能够在短时间内产生数十万到数十亿个短序列读长。NGS技术包括了Illumina测序、Ion Torrent测序、Roche 454测序（现已停产）和Pacific Biosciences（PacBio）的单分子实时测序（SMRT）等。这里我将重点介绍Illumina测序的数据分析方法与原理，因为它是目前最广泛使用的NGS平台。

1. PyMOL:

· 网址： https://pymol.org/

Python是一种简单易学，功能强大的编程语言。它有高效率的高层数据结构，能够简单、有效地实现面向对象编程。Python语法简洁，支持动态输入，是解释性语言。在大多数平台上，对于众多领域，Python都是一个理想的开发语言，特别适合于应用程序的快速开发，尤其在人工智能领域有着广泛的应用。

程序员的时间很宝贵，Python这门语言虽然足够简单、优雅，但并不是说你使用Python编程，效率就一定会高。要想节省时间、提高效率，还是需要注意很多地方的。

今天就与大家分享资深Python程序员总结的10点建议，帮助大家大幅节省开发时间。

1. 不使用分号

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情景描述，很多时候，我们拿到的往往是fastq的数据，但是我们需要转换成fasta数据进行后续操作，此时，我们需要转换文件格式，显然手动不可能完成，因此，需要用到编程技术。

#!/usr/bin/python
#-*- coding:utf-8 -*-

from Bio import SeqIO

def fq2fa(my_file,name):

    with open(my_file) as handle:

        record=SeqIO.parse(handle, "fastq")
        filename=name
        SeqIO.write(record, filename+".fasta", "fasta")

    handle.close()  

fq2fa(fastqfile,filename)

R 包安装

install.packages(c("pheatmap","argparser", "cowplot","ggalluvial)) 
install.packages(c("tidyverse", "formattable", "seqinr","pkgbuild")) 
install.packages("vegan")

BiocManager::install("AnnotationForge")
BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("phyloseq")
BiocManager::install("PCAtools")